联合检查组从两方面对食品生产企业监督检查：一方面是现场检查，包括生产加工场所、生产加工设备设施、原辅材料、从业人员要求、产品标识、产品储运和销售及消防设施建设等。另一方面是制度检查，包括企业进货查验记录制度、企业出厂检验记录制度、企业不合格品管理制度、企业生产加工食品的标识标注、企业销售台账制度、企业从业人员健康和培训、企业委托加工食品管理制度等。

检查中，联合检查组严格按照有关规定实施检查，研判问题症结，列出问题清单，如对瀚唐食品加工厂检查时，局特监股对该厂使用锅炉存在的安全隐患提出了整改意见；消防大队、应急局依职权对该厂存在的问题下发了整改通知书。